No! Quei 19 nucleotidi non dimostrano che SARS-CoV-2 è stato prodotto in laboratorio

Due virologi italiani hanno suggerito la plausibilità che il nuovo Coronavirus sia sfuggito da un laboratorio. Il problema è che lo hanno fatto sulla base di dati che non sono affatto eccezionali e non rappresentano alcuna prova di manipolazione. «Il ceppo prototipo di Wuhan – ha detto il presidente di Aifa Giorgio Palù in una intervista al Corriere della Sera -, quello che ha cominciato a manifestarsi in Cina con forme gravi di polmonite, e tutte le varianti che ne sono derivate, anche quelle considerate non interessanti nella classificazione internazionale, presentano una caratteristica affatto peculiare. Nel gene che produce la proteina Spike (quella che il virus utilizza per agganciare la cellula da infettare) appare inserita una sequenza di 19 lettere appartenente a un gene umano e assente da tutti i genomi dei virus umani, animali, batterici, vegetali sinora sequenziati. La probabilità che si tratti di un evento casuale è pari a circa una su un trilione».

Secondo Palù si tratterebbe di «una sequenza essenziale perché conferisce al virus la capacità di fondersi con le cellule umane e di determinare la malattia». «Anche io ritengo l’ipotesi suggestiva e verosimile – continua il presidente della Società Italiana di Virologia e direttore di microbiologia all’ospedale di Brescia Arnaldo Caruso -, soprattutto alla luce delle evidenze che vengono descritte nello studio pubblicato il 21 febbraio sulla rivista Frontiers in virology di cui Palù è uno degli autori. Nel gene del virus che codifica la proteina Spike è inserita una sequenza di 19 lettere, sequenza che è appannaggio esclusivo dell’uomo. Ed è proprio quella che ha permesso al SarsCoV-2 di adattarsi alle nostre cellule». Lo studio a cui accenna Caruso, apparso su Frontiers in Virology, era stato già analizzato da noi qui per il progetto Open Fact-checking. Per l’occasione non abbiamo consultato un virologo, bensì un esperto di genomica comparata: Marco Gerdol, dell’Università di Trieste.

Perché quei 19 nucleotidi non sono una prova

Il lavoro co-firmato da Palù aveva ispirato il tabloid britannico Daily Mail con un articolo riguardante l’ipotesi che il nuovo Coronavirus sia stato prodotto in laboratorio. Cita proprio lo studio co-firmato da Palù. I ricercatori tornano sulla questione del taglio furinico, già utilizzata per sostenere che vi siano segni di manipolazione genetica nel SARS-CoV-2. Il frammento genetico in questione avrebbe permesso alla proteina Spike di legarsi meglio alle cellule polmonari. Gli autori del paper scoprono che un precedente frammento di Dna brevettato da Moderna nel 2016 presenta 19 nucleotidi identici. Tra i primi a suggerire che il sito di taglio furinico fosse un indizio di manipolazione furono Rosanna Segreto e Yuri Deigin, in uno studio del marzo 2021. Come ci spiegò già allora Gerdol, «il sito di clivaggio della furina è noto da tempo». Ne parlavamo già in tempi non sospetti in un articolo del giugno 2020.

Lo abbiamo trovato fin da subito – continua Gerdol -, perché è stato identificato come potenziale causa dell’infezione da uomo a uomo. Di fatto tutti i Coronavirus hanno un sito di clivaggio in quella posizione. Anche se non in tutti il taglio è adoperato dalla furina. […] Qui si parla in particolare dell’acquisizione di un taglio furinico, che effettivamente espande il range dei potenziali ospiti del virus, che dai pipistrelli può saltare in altri animali. Tutto questo viene presentato invece come fondamentale per garantire esclusivamente l’infettività nell’uomo. Non è vero.

Innanzitutto se andiamo a prendere i Coronavirus umani, due di quattro hanno il taglio furinico. Sicuramente non lo aveva SARS-CoV-1, quello dell’epidemia di Sars del 2003, mentre lo aveva MERS-CoV, responsabile dell’epidemia di Mers del 2012. Insomma, non è fondamentale per permettere al virus di infettare le cellule umane.

Gerdol ha spiegato molto chiaramente a Open che questa sequenza può benissimo presentarsi in maniera casuale, senza necessariamente richiedere una manipolazione. Tale combinazione di nucleotidi non è nemmeno univoca di SARS-CoV-2, si trova infatti casualmente anche nel genoma dello Storione e in diverse specie di Drosophila.

Sono 19 nucleotidi – continua il Genetista -, il ragionamento non é poi così diverso da quello fatto per i famosi inserti di Hiv del preprint indiano ripreso da Luc Montagnier. Stringhe di sequenza così corta si possono trovare assolutamente identiche per puro caso in moltissimi organismi. Oltre ad un mRNA del rondone in questo caso la si trova identica ad esempio nel genoma dello Storione ed in diverse specie di Drosophila.

Un problema comune dell’uso di BLAST é quello di esagerare l’interpretazione dei risultati. Quando le sequenze ricercate sono molto corte discriminare tra sequenze omologhe e sequenze simili (omologia e similarità non sono affatto sinonimi nella biologia evolutiva) non é semplice e bisognerebbe sempre avere grande cautela. In questo caso mi pare sia stato scritto un articolo su una curiosa coincidenza e nulla più.

Perché i dati di Palù non sono una prova

Dopo le affermazioni rilasciate da Palù nell’intervista al Corriere, Gerdol ha replicato in un articolo dettagliato, scritto assieme al professor Enrico Bucci esperto nell’analisi degli studi scientifici, nel suo blog Cattivi scienziati. Contrariamente a Palù e Caruso, i due Scienziati hanno una preparazione specialistica, che permette loro di comprendere fin da subito che quei 19 nucleotidi non sono affatto un indizio sconcertante.

Gerdol e Bucci partono dall’affermazione principale di Palù, secondo il quale il «sito di taglio della furina», sarebbe «altamente inusuale». Secondo il Virologo perché la probabilità che si presenti casualmente sarebbe «3,21 su 100 miliardi». Il fatto che trovino la stessa sequenza in un brevetto di Moderna, anni prima della pandemia, non sembra suscitare in Palù il sospetto di essersi sbagliato.

Questa affermazione – continuano Bucci e Gerdol -, è sia sbagliata che fuorviante, per una serie di motivi che con Marco Gerdol (e altri ricercatori nel mondo) abbiamo evidenziato già in passato […] la probabilità indicata non è quella di apparizione della sequenza in natura, ma quella congiunta della simultanea apparizione per puro caso in due database diversi, il punto principale è che in natura la frequenza di una sequenza di 19 basi non va calcolata mettendo al denominatore tutte le possibili sequenze, perché solo una piccolissima frazione di queste corrisponde ad un coronavirus vitale, e una frazione ancora più piccola ad un coronavirus vitale di tipo SARS-CoV-2. La nostra probabilità, quindi, va calcolata su un insieme molto, molto più ridotto di sequenze possibili biologicamente.

A conti fatti, la probabilità di una apparizione casuale dei nucleotidi presi in considerazione è piuttosto alta:

Fra l’altro, in realtà – come riportato nel lavoro stesso – la sequenza davvero diversa fra SARS-CoV-2 e gli altri genomi considerati è di 12, non 19 basi; le basi “in più” sono comuni anche a molti altri sarbecovirus, e la loro inclusione nel discorso fatto dagli autori del lavoro è davvero incomprensibile ai fini del calcolo della probabilità casuale di emersione della differenza fra SARS-CoV-2 e gli altri virus.[1] Questo significa che la probabilità di emersione della differenza specifica di cui stiamo parlando – la sequenza di taglio della furina – è in realtà ordini di grandezza più alta, perché riguarda una sequenza più corta di quella su cui si fanno i conti nel lavoro.

L’intervento umano non è la spiegazione più probabile

Considerato il tasso di mutazione casuale col numero di eventi replicativi di SARS-CoV-2, la probabilità che compaia casualmente una qualsiasi sequenza di 19 basi è piuttosto alta, tanto da non rendere l’intervento umano indispensabile. Gerdol e Bucci ricordano anche, che tale sequenza risulta vantaggiosa anche nei visoni e nei criceti, rendendo la Selezione naturale ben più probabile dell’intervento umano.

Che questa forza esista – continuano i due scienziati -, è chiaro dal fatto che sequenze di taglio della furina sono frequenti nei coronavirus, e sono state osservate diverse sue versioni indipendenti in diverse specie. Anche nell’uomo, inoltre, il sito di taglio della furina è cambiato più volte dall’inizio della pandemia, dando origine a nuove varianti più o meno utili al virus; anzi proprio la zona della proteina Spike in cui ricade la sequenza in questione è oggetto di continue mutazioni, come dimostra l’inserzione di 15 basi nella variante AT.1, che ha circolato per un po’ in Russia.

Dunque, abbiamo che non solo è interamente possibile generare in maniera casuale la frequenza incriminata, ma essa ricade in un punto del genoma virale dove le mutazioni sono frequenti, ed è infine selettivamente vantaggiosa per il virus sia in animale che in uomo (come lo sono sequenze a funzione simile in altri coronavirus), così che la selezione naturale è ancora oggi all’opera, generando varianti diverse.

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