Covid, cosa sappiamo della variante ibrida Deltamicron

Per distinguerla dalla scoperta rivelatasi presto frutto di errore della cosiddetta Deltacron, si preferisce definire la variante ibrida del nuovo Coronavirus Deltamicron. Unisce il corredo genetico di Delta e Omicron. La scoperta è apparsa l’8 marzo nel preprint di un team di ricercatori francesi. Il primo a ipotizzarne l’esistenza è stato il dottor Scott Nguyen presso il Washington, D.C. Public Health Laboratory, a seguito dell’analisi di diversi dati provenienti dalla Francia riguardanti presunti casi di co-infezione da Delta e Omicron nei pazienti Covid. Il 10 marzo si contavano 33 casi della nuova variante in Francia, otto in Danimarca, uno in Germania e uno in Olanda. Lo stesso giorno Reuters riportava che Helix (azienda specialista che si occupa di sequenziamenti genetici) aveva trovato un paio di casi negli Stati Uniti. 

Come emergono le varianti Covid

Dall’estate 2020 sono emerse diverse varianti Covid, tutte in popolazioni dove SARS-CoV-2 aveva più probabilità di diffondersi e non si vaccinava in maniera significativa, come avevamo visto in articoli precedenti:

• Alfa – Regno Unito: 20 settembre 2020, 0% della popolazione vaccinata;
• Beta – Sudafrica: 19 agosto 2020, 0% della popolazione vaccinata;
• Gamma – Brasile, 11 settembre 2020, 0% della popolazione vaccinata;
• Delta – India, 23 ottobre 2020, 0% della popolazione pienamente vaccinata;
• Eta – Nigeria, 20 dicembre 2020, 0% della popolazione pienamente vaccinata;
• Iota – New York, 23 novembre 2020, 0% della popolazione pienamente vaccinata;
• Kappa – India, 1° dicembre 2020, 0% della popolazione pienamente vaccinata;
• Lambda – Perù, 30 novembre 2020, 0% della popolazione pienamente vaccinata;
• Mu – Colombia, 11 gennaio 2021, 0% della popolazione pienamente vaccinata;
• Omicron – Botswana, 11 novembre 2021, appena il 20% della popolazione pienamente vaccinata.

I risultati dello studio francese

Abbiamo dati in tutto il mondo riguardanti casi di co-infezione tra diverse varianti. Quindi sono emersi anche casi di sospette ricombinazioni genetiche, le quali sono comuni in tutti i Coronavirus. Leggiamo cosa riportano gli autori dello studio francese nell’abstract (il grassetto è nostro):

Qui sono state segnalate tre infezioni nel sud della Francia con un ricombinante Delta 21J/AY.4-Omicron 21K/BA.1 “Deltamicron” – continuano i ricercatori -, il genoma ibrido ospita mutazioni distintive dei due lignaggi, supportate da una profondità di sequenziamento media di 1.163-1.421 letture e una diversità nucleotidica media dello 0,1-0,6%. […] l’analisi strutturale del picco ricombinante ha suggerito che il suo contenuto ibrido potrebbe ottimizzare il legame virale nella membrana della cellula ospite. Questi risultati richiedono ulteriori studi sulle caratteristiche virologiche, epidemiologiche e cliniche di questo ricombinante.

Resta da chiedersi quale potrebbe essere l’impatto della variante ibrida nella capacità di SARS-CoV-2 di trasmettersi ed evadere gli anticorpi neutralizzanti derivati dai vaccini o da una precedente infezione.

Le ricombinazioni nei Coronavirus

Avevamo già visto (qui, qui e qui), che le principali varianti non bucano i vaccini Covid. Per quanto i titoli anticorpali calino dopo 4/5 mesi, la protezione dalle forme gravi di Covid-19 resta alta anche dopo sei mesi, rispetto a quella derivata dall’immunità naturale.

Come spiegava a Open l’esperto di genomica comparata all’Università di Trieste Marco Gerdol – in un precedente articolo dove chiarivamo come mai il presunto ibrido Deltacron scoperto a Cipro non esistesse affatto -, abbiamo un 30% di casi dove la co-infezione rivela una ricombinazione tra varianti diverse, senza portare a mutanti significativamente pericolosi. Il restante 70% è costituito da sequenze potenzialmente ricombinanti, che si rivelano essere artefatti prodotti per sbaglio durante il sequenziamento in laboratorio. In questo contesto Deltamicron potrebbe rivelarsi non essere il primo caso di ricombinazione tra Delta e Omicron.

I fenomeni di ricombinazione sono stati tutt’altro che rari ed irrilevanti nella storia evolutiva (anche recente) dei Sarbecovirus – continua Gerdol su Facebook -, non sarebbe stato sorprendente osservare in un futuro prossimo alcune varianti che mostrassero un genoma in cui spezzoni provenienti da omicron potessero essere “ricuciti” su un genoma di derivazione delta, o viceversa. […] Non c’è dunque nulla di cui stupirsi nel sentire che siano stati raccolti dei dati convincenti a supporto dell’esistenza di una variante ricombinante anche tra delta ed omicron, che in questo caso nulla ha a che vedere con la “deltacron” erroneamente riportata dai colleghi ciprioti. […] Nel caso di questa variante, curiosamente l’evento di ricombinazione ha riguardato praticamente l’intero gene S di BA.1 “in blocco” (ed eccezione di una piccola porzione codificante alcuni amino acidi al N-terminale della proteina), che è dunque stato ricombinato con un genoma di discendenza delta (precisamente AY.4). Per i più curiosi una mappa dettagliata delle mutazioni condivise con BA.1 ed AY.4 può essere vista qui.

Dobbiamo preoccuparci?

Al momento non si conoscono casi rilevati, tali da darci motivo di preoccupazione. Questo evento di ricombinazione – per niente inconsueto -, non implica necessariamente una maggiore trasmissibilità, evasione immunitaria o virulenza.

Come ha spiegato anche il dottor Etienne Simon-Loriere dell’Istituto Pasteur sul New York Times – uno dei ricercatori impegnati nello studio della nuova variante ibrida -, il gene che codifica la Spike (ovvero la proteina che permette il legame del virus con le cellule polmonari), deriva quasi interamente dal genoma della variante Omicron.

Il resto del genoma deriva dalla variante Delta. Questo significa che – molto probabilmente -, le difese già acquisite contro Omicron dalla popolazione (mediante vaccino e/o precedente infezione) funzioneranno altrettanto bene contro il nuovo ricombinante.

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